Năm 1997, Liên đoàn bóng đá Việt Nam lập ra Giải bóng đá hạng nhất quốc gia Việt Nam, lúc đó là giải đấu cấp bậc cao nhất trong hệ thống giải đấu bóng đá tại Việt Nam. Đội vô địch đầu tiên là Cảng Sài Gòn vào năm 1997, tiếp theo là Thể Công năm 1998. Tuy nhiên, nhà vô địch năm 1999 Sông Lam Nghệ An không được công nhận vì năm đó chỉ có Giải tập huấn, mang tính chất giao hữu chứ không phải giải đấu chuyên nghiệp.

Mùa giải 1999-2000, Sông Lam Nghệ An bước lên ngôi vô địch. Đây là mùa giải cuối cùng của Giải bóng đá hạng nhất quốc gia Việt Nam với tư cách là giải đấu cao nhất ở Việt Nam. Mùa giải 2000-2001 là mùa giải đầu tiên sau khi giải được tách ra thành hai giải đấu riêng biệt, khi đó Giải Vô địch Quốc gia chuyên nghiệp được công nhận là giải đấu cấp cao nhất còn Giải bóng đá hạng nhất quốc gia Việt Nam chỉ là cấp bậc thứ hai.